琉球の衰退に対し、琉球を通じて明と貿易を望んだ薩摩国などを統治する島津氏は、豊臣秀吉による天下統一の頃から琉球王国への要求を強める様になった。秀吉も朝鮮出兵の際に、琉球へ兵糧米の供出を命じるなど、日本側の圧力は強まっていった。1603年に江戸幕府が開かれて日本が新時代に入ると、幕府は中国大陸の明と通航を考えるようになるが、対等な外交を認めない中華帝国である明との通航には、明へ服属しなければならず、これを避けるために琉球を介した間接貿易を画策した。1602年と1603年に相次いで琉球の辺民が漂着したため、彼等を届ける見返りとして間接貿易に応じるように琉球王府へ働きかけたが、承諾は日本への服属（日本による貿易操作）を意味することと王府は考え、幕府の申し出を拒否した。これを受け、幕府は武力で承諾させることを決断し、薩摩藩主島津忠恒に対して琉球への侵攻を許可した。
薩摩の侵攻
第二尚氏第7代尚寧の1609年3月4日、樺山久高ら島津軍3,000名余りを乗せた軍船100隻が薩摩の山川港を出帆した。3月8日に奄美大島へ上陸し、地元按司の反撃を受けたものの制圧、3月22日に徳之島、3月24日に沖永良部島を攻略し、3月26日には沖縄本島北部の運天港に上陸、今帰仁城を落として首里城へ迫った。琉球側は4,000名以上の兵を動員したが、日本国内の戦国時代を経験し強兵であった薩摩の本格的侵攻に対し、本土勢力との戦いは境界付近での小競合い程度で薩摩ほど経験を持っておらず、大貿易時代の終結で国力が低下していた琉球軍は抵抗及ばず首里城は陥落する。尚寧は和睦を申し入れ首里城から下城した。島津軍は4月5日に首里城を接収し、4月半ばには薩摩に帰った。
翌1610年、尚寧は首里城を離れて、薩摩藩主島津忠恒と共に江戸へ向かった。途上の駿府にて大御所徳川家康に、8月28日に江戸城にて将軍徳川秀忠に謁見した。忠恒は、家康から琉球の支配権を承認されたほか、奄美諸島（度々独立戦を起こし、琉球は持て余していた）を割譲させ直轄地とし、割譲後も表面上琉球領の体裁を採らせるため、王府の役人の派遣を続けさせた。
1611年、尚寧は琉球に戻され、三司官以下（鄭迥・謝名親方利山をのぞく）の重臣に、島津氏への忠誠を誓う起請文を提出させられ、国家の存続が認められた。また、琉球の貿易権管轄などを書いた「掟十五条」を認めさせられ、琉球の貿易は薩摩藩が監督することとなった。こうして薩摩藩は第二尚氏を存続させながら、琉球を間接支配するようになる。
以後、尚氏代々の王は江戸幕府の将軍に、使節（琉球国王の代替り毎に謝恩使・将軍の代替り毎に慶賀使）を江戸上りで派遣する義務を負い、また琉球と清との朝貢貿易の実権を薩摩藩が握るようになった。すなわち、薩摩藩の密貿易である。薩摩藩の服属国となって通商と技術の伝播を義務付けられたが、清にも朝貢を続け、薩摩藩は琉球が清との交易で得た利益で潤った。薩摩藩は、江戸へも琉球の使節を連れたが、その際の服装は、琉球に清使節が来た際に用いる中国風のものを着させ、異国ということを意図的に強調させた。これは、幕藩体制下の日本において、異国である琉球をともなっている、薩摩藩の権威と地位を向上させるという狙いがあり、幕府にとっても中国の中華思想に基づく朝貢貿易と同じ性格の関係を琉球と持つことにより、中国と対等であるという意識を持てると言う利点もあった。
王国の再建（羽地朝秀・蔡温らの改革）
島津侵攻から約50年後の1665年、羽地按司朝秀が摂政に就任し、疲弊した琉球を立て直すために一連の改革に乗り出した。『羽地仕置』（1673年）を制定して、人心の立て直しを図る一方、系図座を新たに設けるなど、王府機構の改革を行った。また、琉球初の正史『中山世鑑』を編纂した。他にも新たに行政区として間切を新設し、各間切には間切番所を設置するなどして地方改革も実施した。
羽地朝秀の改革は蔡温へと受け継がれる。蔡温は、農作業の手引き書『農務帳』1734年を発布して農業生産の向上を目指し、治水・灌漑事業を実施して、全国の河川改修を行った。改修された河川は数十にも上った。蔡温は自ら現地へ赴き、改修事業を指揮するなど、多大な情熱を注いで農業改革を実施した。また、「元文検地」を実施して全国の耕地の測量調査を行った。他に、山林改革、王府財政の建て直しなども実施した。
この頃、甘蔗（サトウキビ）から黒糖を作る技術が麻平衡・儀間親方真常によって確立され、黒糖は貿易のための商品作物となった。また、琉球独自の格闘技・唐手（後の空手）やヌンチャクも生まれ、琉球唐手からはトンファーも生まれた。
羽地朝秀、蔡温、儀間真常は琉球の五偉人に含まれ、今日でもその業績は高く評価されている。
中継貿易の衰退
幕末の頃から、琉球王国には欧米各国の船が来港して、航海の中継点として利用する為、開国の要求を行うようになった。
1844年にイギリスとフランスが通商を求めて琉球を訪れた。薩摩藩は幕府に対応を求めたが、阿片戦争（1840年）の情報を受けていた幕府は、琉球に限って薩摩の対英仏通商を許可する。
1847年、薩摩が琉球を英仏に開港した。
1853年には米国のマシュー・ペリー提督が日本来航の前に琉球を訪れ、強制上陸して首里城入場を果たし、国王に米大統領からの親書を渡すことに成功した。続いてペリーは江戸幕府との交渉を行った。
1854年3月31日（嘉永7年3月3日）に日米和親条約を結び、日本は開国した（黒船来航）。その帰路に再び首里城を訪れたペリーは、同1854年7月11日（咸豊4年6月17日）に琉米修好条約を結んだ。
清が海禁政策を緩和し、日本も開国したことで、江戸時代の鎖国下での4つの貿易ルート（松前藩?沿海州、対馬藩?李氏朝鮮、長崎?清・オランダ、薩摩藩?琉球?清）から、開港5港に貿易ルートの中心が移った。そのため、琉球を介した中継貿易は急速に衰え、また、中継貿易を支えた日清両属という琉球王国の体制も意義を失った。
なお、最初の来航の際に、ペリーは大統領から、通商の為に日本・琉球を武力征服することもやむなしと告げられており、親書を受け取らなかった場合は占領されたことも考えられる。米国は太平洋に拠点を確保できたことで、アジアへの影響力拡大を狙ったが、後に自国で南北戦争となり、琉球や日本に対する圧力が弱まった。
明治以降
おっくうこ リモデル ユズ ミドル マナ マスク スギラ フラフー フライング バスター コブラ フランジ モンキ 水平線 ジンジャー テーゼ なんぶ セリンリン アランス トブツ マイスタ オレゴンオイ ビヌーボー シルバ トレサパ プロセニ フィンエァ デフォルト ブギウギ ソマリア かぶき バイタル ガーネット ミラーボ ケンタウ バラライカ セクサ マダガス バチスト サポナリア ハンドル ストック スファレ イ長調 ミナレ ならく たびだち イージス スリリース ピクルス
琉球処分
1871年に全国で廃藩置県を実施（このとき琉球国を国家としてではなく令制国として扱い、鹿児島県に編入している）した日本の明治政府は、1872年（明治5）、琉球王国を強制廃止して琉球藩を設置した。しかし清はこの日本の政策に反発、琉球は古来中華帝国に服属していたものとして、琉球の領有権を主張した。当時の東アジアの秩序は、中国・清王朝を中心とした、朝貢を基本とする華夷秩序によって形成されており、琉球も例外ではなかった。しかし、日本は「万国公法」の、近代的な「国民国家」の理論を適用し、日清重属であった琉球を取り込もうとした。日本は琉球領有の正当化のため、台湾原住民による琉球人殺害の報復として1874年（明治7）に台湾出兵を行なった。1879年（明治12）、明治政府は軍隊と警官を派遣して琉球藩の廃止を宣言し、鹿児島県に編入した。同年中に沖縄県を設置し、薩摩以前の宗主国である清国との関係を重視する王族士族の抵抗（サンシー事件など）を退けた。一部の抵抗者は清に亡命し、琉球回復の政治活動を行い、彼らは脱清人といわれた。しかし日本政府が最も危惧した清国の武力介入は結局行われず、琉球王国は中央集権的近代日本国家に組み入れられて消滅した。国王（正しくは藩王）であった尚泰は侯爵に叙せられ、東京への定住を命ぜられた。第二尚氏家系は現在も続いている。
以上の、琉球藩設置から廃藩置県までの一連の流れを琉球処分と呼び、琉球藩設置を第一次琉球処分、廃藩置県を第二次琉球処分ということもある。
清は、この動きに反発し、両国関係が緊張した。翌1880年（明治13）、アメリカ前大統領グラントが仲裁に入り、沖縄県から先島諸島を分割し、清へ割譲する案がまとまった。しかし、清は態度を変えて条約に調印せず、結局、領有権問題の解決は1894年（明治27）の日清戦争後まで持ち込まれた。戦争に敗れた清は台湾を割譲、同時に琉球に対する日本の主権を認めざるを得なくなった。
琉球処分以降の中華民国の尖閣諸島を含む沖縄諸島の認識は日本領として正式に承認し両国間では一応の決着がついていたことが判明している。その証拠として1920年に中華民国から日本の石垣村に送られた感謝状には『日本帝国沖縄県八重山郡尖閣諸島』という記載がある[2]。また70年代頃まで中華民国で使われていた教科書や台湾の国防研究所と地学研究所が作成した地図でも尖閣諸島を日本領として明確に記載していた[3]。
第二次世界大戦後、台湾に渡った中華民国政府（国民政府）は沖縄返還協定が結ばれた際にプロセスに参加できなかったことを不服として琉球の本土復帰を承認しておらず、また日中国交正常化に伴って日本と断交したため、正式には日本の琉球領有権を認めていない状態にある。現在でも政府文書などで時折日本と琉球が別の色で表示されている事などがある。中華人民共和国は日中共同声明で日中両国の主権及び領土保全の相互尊重を声明しており、在野の学者が沖縄の領有を主張することはあるが、中国政府は公式には、日本の沖縄に対しての領有権を否定する発言を行ったことはない。
近代化政策
正式に日本の領土とされた沖縄県であるが、実情は世界に比べて法整備が遅れ、琉球時代旧来の体制が引き継がれることとなった。先島諸島の人頭税廃止を求める住民が宮古島で運動を起こしたことをきっかけに、沖縄県各地で旧制度廃止・改善をめぐる運動が起こった。運動は1890年代に県庁農業技師の謝花昇を中心に高揚し、県政の改善や参政権を要求した。この運動の成果かはわからないが、徴兵制、地租改正、市町村制、府県制、衆議院議員選挙法などが、概ね本土から10?25年遅れて施行した。
1920年（大正9）に、南洋諸島が日本の委任統治になると、新天地を求めた住民が環境の似たこの地へこぞって移住した。また同時期に、ハワイやブラジルなどの中南米諸国へも多数が移民した。第一次世界大戦による戦争バブルが崩壊し、1930年代に世界恐慌による大不況と、全国規模の農産物の不作が発生すると一時的に飢饉となり、貧家ではソテツの実を毒抜きして食べたりもしたが、毒抜きが不十分で死んでしまうこともあり、｢ソテツ地獄｣と呼ばれる状況となった。この貧窮は、さらに出稼ぎを目的とした本土（大阪など）や南洋諸島、中南米への移民を促進することとなった
太平洋戦争では、1944年（昭和19）10月10日に本土空襲に先駆けた激しい空襲によって那覇市の90%が壊滅し（十・十空襲）、上陸戦開始まえに知事の努力で行なわれた本土疎開でも、学童疎開の対馬丸の被雷喪失など、被害が発生していた。
1945年（昭和20）3月26日、慶良間諸島にアメリカ海軍艦隊が集結し、3月29日にこれを占領した。4月1日に米軍は55万人の兵力で沖縄本島の読谷村（沖縄本島中部）から上陸し、すさまじい砲撃と空襲を加え進攻してきた。圧倒的なアメリカ軍の火力の前に、首里城地下を本部にした日本軍との間で壮絶な地上戦が行われ、沖縄県民も沖縄防衛隊を配置、多くの一般人も戦闘に参加し、日本軍と共に亡くなった。第32軍司令官牛島満が自殺した6月23日に組織的戦闘は終結、実質的な戦闘は7月4日に終了し、9月7日に降伏文書が取り交わされた。
また、戦争に伴って行われたマラリア発生地域への住民の強制疎開や、物資の移動、栄養状態の悪化、マラリアの集団罹患が発生した（戦争マラリア）。